Das kannst du gern tun.
Ich verwende Sloeber.
Ich sprach dabei nicht von der Arduino IDE.
Du musst halt schauen, welche Arduino AVR Version dein Atom/PIO nutzen...
Bei Sloeber habe ich mir zum Testen mehrere installiert und kann sie dann im Projekt jeweils dediziert auswählen. Wie gesagt - hat nix mit der Arduino IDE zu tun.